苹果发布 SimpleDesign 蛋白质设计模型，可同时生成序列与结构

苹果公司研究人员本月初公布了一项名为 SimpleDesign 的蛋白质设计模型，相关论文以预印本形式发布在 arXiv 上。该模型能联合生成蛋白质的氨基酸序列和三维结构，采用直接在原始数据上训练的方式，省去传统多阶段训练流程中的中间表示转换环节。

现有不少蛋白质联合设计模型需先训练自编码器，将蛋白质结构转换为离散的潜在表示，再训练生成模型处理这些表示。SimpleDesign 直接使用氨基酸序列和连续三维坐标进行端到端训练。这项研究延续了苹果此前 SimpleFold 项目的技术思路。

研究团队使用了超过 200 万组蛋白质序列与结构配对数据，主要来自 AFESM 数据集。根据研究结果，SimpleDesign 在蛋白质联合设计、结构生成和序列生成等基准测试中取得了具有竞争力的表现。

不过，论文目前仅报告了计算机评估结果。研究团队尚未通过实验验证生成蛋白质能否实际折叠、发挥功能或在生物系统中安全运行，因此这些结果还不能直接证明模型设计出的蛋白质具备实际应用能力。