北大团队基于 AlphaFold3 开发 ContactSeek 框架，精准碱基编辑取得突破

北京大学伊成器课题组联合华东师范大学团队，在《自然》期刊发表论文，提出基于 AlphaFold3 接触概率的 AI 框架 ContactSeek，用于精准碱基编辑。

研究团队整合 AlphaFold3 预测的接触概率与高通量脱靶编辑数据，系统识别决定编辑特异性的关键氨基酸残基，并据此改造碱基编辑工具。该框架能显著提升编辑特异性，降低脱靶活性。

基准测试显示，ContactSeek 可灵敏捕捉单碱基错配引发的构象变化。团队已鉴定出多个新型 Cas9 变体，在保持高效在靶编辑的同时，有效减少 DNA 脱靶编辑，为基因治疗工具设计提供新范式。